一、两种疾病的病因是不同的。跖疣是属于人乳头瘤病毒感染，导致足底病变，而鸡眼是由于长期的磨损引起的局部角质层变厚。
二、在症状上也是不同的，跖疣轻症患者没有任何自主不舒服的症状，有的有轻微疼痛的感觉。而鸡眼的主要表现就是局部疼痛的症状。
三、病理变化不一样，跖疣会导致皮下的角质层变得疏松，因为乳头瘤血管破裂引起的出血点表现上面有小黑点。而鸡眼为中心有倒圆锥状角质栓嵌入真皮。
四、在治疗方面，两种疾病都可以采取一些物理治疗措施，比如激光、液化氮冷冻，或者是都可以采取手术切除病变的组织。但是治疗的原则有区别，跖疣这一种病毒感染导致的疾病，还可以配合免疫调节剂以及抗病毒的药物进行局部用药，或者是口服用药进行治疗。而鸡眼是没有必要采取这些治疗措施的。
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