新生儿黄疸的严重并发症，主要是可以出现胆红素脑病。当新生儿出现血清胆红素重度升高的时候，或者是在这时，新生儿同时存在着一些高危因素的时候，可以使得未结合胆红素，透过血脑屏障入脑，从而可以导致胆红素脑病的发生。一旦患儿出现胆红素脑病，可能会造成眼球运动障碍、听觉障碍、脑瘫、智能落后、抽搐、抬头无力以及流涎等后遗症的发生。
当患儿存在着早产、窒息、呼吸困难、缺氧、严重感染、低蛋白血症、低血糖、低体温、酸中毒的时候，或者是当患儿出现体重低于1.5公斤这些高危因素的时候，血清胆红素低于临界值，都可以导致患儿发生胆红素脑病的情况。一般情况下，胆红素脑病在患儿出现重度黄疸高峰以后12小时到24小时之内，可以出现症状。
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