氩气刀操作可能会引起一些气道黏膜的损伤，甚至在气道内着火，引起气道的损伤，还有对镜子的损伤；引起心律失常；冷冻可能也有一些水肿、出血；支架也引起分泌物潴留、咳嗽。所以这些并发症跟操作都有关系，跟患者用过哪些治疗都有关系。
用活检钳做肺活检或者是冷冻肺活检，如果病变特别靠周边，做的过程中就可能把胸膜撕破，会出现气胸，有可能术中就会出现气胸，这时病人马上就会出现血氧低，甚至休克的表现。还会出现延迟的气胸，病人会感觉胸闷、气憋。
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