肺脓肿在有效抗生素合理应用下，加上脓液通过和支气管交通向体外排出，大多数对抗感染治疗有效。肺脓肿治疗应结合细菌培养及药敏结果，及时合理选择药物，进行经验治疗青霉素G为首选药物，对厌氧菌和G球菌等需氧菌有效。
甲硝唑（灭滴灵）是杀菌药，对厌氧菌，如脆弱类杆菌有作用，多为联合应用，不单独使用。通常和青霉素、克林霉素联合用于厌氧菌感染。内酰胺类抗生素某些厌氧菌如脆弱类杆菌可产生内酰胺酶，故青霉素羧苄西林、三代头孢中的头孢噻肟，头孢哌酮效果不佳。对其活性强药物有碳青霉烯类，替卡西林、克拉维酸、头孢西丁等，加酶联合制剂作用也强，如阿莫西林克拉维酸或联合舒巴坦等。
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