1、腹腔镜检查
是目前诊断子宫内膜异位症的最佳方法，特别是对盆腔检查和B超检查均无阳性发现的不育或腹痛患者更是惟一手段，往往在腹腔镜下对可疑病变进行活检即可确诊为子宫内膜异位症。此外，子宫内膜异位症折临床分期也只有在腹腔镜或剖腹探查的直视下方可确定。
2、B超声检查
可确定卵巢子宫内膜异位囊肿的位置、大小和形状，偶能发现盆腔检查时未能扪及的包块。B超显示卵巢内膜异位囊肿壁较厚，且粗糙不平，与周围脏器特点是与子宫粘连较紧。囊内容物可分为囊性、混合性或实性3类，以囊性最多见。由于囊中的回声图像并无特异性，故不能单纯根据B超图像确诊。
3、组织病理检查
镜下检查子宫内膜异位症的组织切片中可见到：明显的子宫内膜腺体、间质，病变周围常有大量炎性细胞、疾病水肿改变及纤维结缔组织。可见大量红细胞、吞噬大量含铁血黄素的巨噬细胞和含铁血黄素。
4、血清检查
子宫内膜异位症病人血清CA125升高，胎盘蛋白14浓度增高。胎盘蛋白14是由子宫内膜分泌的子宫内膜组织的抗体，其血清浓度有月经周期样变化。
5、直肠阴道检查
宫骶韧带或子宫直肠陷凹处有单个或数个大小不等的硬结在经期增大，压痛更明显。病变累及膀胱时，子宫-膀胱陷凹处可触及硬结。病变累及卵巢时，子宫一侧或双侧可触及壁厚的囊性包块，与子宫粘连固定，有触痛。
6、钡剂灌肠检查
在月经中期及月经第2天各作1次钡灌肠检查观察肠道狭窄部位病变变化，有助于诊断。
钡剂灌肠时可发现：直肠和（或）结肠有较长的充盈缺损、狭窄，狭窄部边缘清晰且黏膜完整；肠道仅有轻度炎症表现，狭窄部固定，有触痛，稍不规则，但不像肿瘤那样僵硬或破溃。
7、细针穿刺吸引细胞学检查
对子宫直肠陷凹或直肠阴道隔肿块可经阴道作细针穿刺吸引，抽吸物做细胞学检查。
8、CA125值测
定子宫内膜异位症患者的血清卵巢癌相关抗原CA125值可升高，且随期别增加阳性率亦上升。CA125值的变化还可用以监测该病的疗效，CA125值的升高主要见于卵巢浆液性囊腺癌。虽然卵巢癌的CA125值远高于内膜异位患者，但两者间的升高值有一定范围的重叠，虽然卵巢癌的 CA125值远高于内膜异位患者，但两者间的升高值有一定范围的重叠，故临床上无法单独利用此测定值将两者加以鉴别。
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