寄生在人体的滴虫有三种：口腔毛滴虫、人毛滴虫（寄生在肠道内）和阴道毛滴虫。阴道毛滴虫主要侵犯人体的泌尿生殖系统，它可寄生于女性的外阴皮肤皱褶内、尿道旁腺、下段尿道、前庭大腺、阴道及子宫颈管内；在男性，阴道毛滴虫多寄生在尿道和前列腺中。
人体的另外两种毛滴虫是不感染阴道的。通常，健康女性中有一部分人阴道内就带有阴道毛滴虫，但并不引起炎性反应，可能是阴道内环境暂时不适合滴虫生长，也可能因为感染的虫株毒力不强所致。但是当阴道内环境发生改变，有利于滴虫生长时，就可能引起滴虫性阴道炎。滴虫性阴道炎是育龄期妇女非常常见的一种阴道炎症，其患病率仅次于霉菌性阴道炎。
滴虫可以通过性生活传播，也可以通过间接接触传播，游泳池、浴池尤其盆塘都可以成为滴虫的传播场所。母亲患滴虫后传染给新生儿也是有可能的。
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