功能性消化不良病因不是特别清楚，可能和情绪、运动功能等有相关性，临床上自愈较困难，有一些药物，或者饮食、情绪上调节方式，可对患者有帮助。
第一患者进食特别的食物，如豆制品奶制品，容易引起腹胀产气食物之后，建议减少相关食物摄入，然后做食物的过敏原检测，避开这些食物即可治愈。
第二个如果患有幽门螺杆菌感染，建者做根除药物治疗。
第三个如果有情绪上波动或紧张焦虑抑郁的状态，这时可以去精神卫生科进行相关治疗，调整生活方式，接受相关检查治疗方法，针对功能性消化不良可能会有治疗效果。
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