核酸检测有三种检测方式，包括肛拭子、咽拭子、鼻拭子，其中最常见的是鼻拭子和咽拭子。
新冠病毒的传播主要以呼吸道传染为主，所以通过检测呼吸道分泌物判断是否感染新型冠状病毒的准确性较高，采用何种检测方法，也可根据患者的不同症状表现进行选择，通常新型冠状病毒感染后，可在呼吸道大量繁殖，被感染者出现咳嗽、咳痰等呼吸道症状较为普遍，仅有少数患者以腹痛、腹泻为主要表现，该类人群可进行肛拭子检测。
鼻、咽拭子检测时会使用类似消毒棉签比较长的棉拭子，采集鼻腔、咽喉的分泌物，到核酸病毒检测部门，进行细菌培养以及药物敏感试验。其结果主要分为阳性和阴性两种，但外界影响因素较多，也可能会出现假阳或假阴的可能，一次核酸检测结果阴性并不能代表不存在感染，通常需要进行两次核酸，且均为阴性方可解除隔离，此外，还需配合临床症状、血液、肺部CT等检查结果作为诊断依据。
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