器质性的疾病分消化系统疾病和其他系统疾病。功能性的疾病，可以涉及功能性消化不良，也可涉及功能性腹泻。
器质性消化不良，如慢性肠炎、炎性肠病、溃疡性结肠炎、慢性细菌性痢疾，甚至是肠道的恶性肿瘤，都可能导致拉肚子、食欲下降、不爱吃饭。对于不同病人引起的消化管道的情况，可以通过胃镜、肠镜帮助诊断。
除此之外，一些非消化系统疾病，也可导致拉肚子、食欲下降、不爱吃饭，像糖尿病、甲状腺功能紊乱、慢性的肾功能不全、慢性阻塞性肺病、慢性的心功能不全。
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