急性的上尿路梗阻可能有腹膜后或是上腹部的疼痛，特别是存在结石的时候，膀胱结石，使得感染几率增大。较高位的尿路感染容易导致感染，因为扩张或者压缩性的坏死可以降低肾脏的防御机制，并且使得血源性细菌散布，以肾皮质和肾髓质形成感染性病灶。
同样，一旦正常的尿路组织受到损伤，不论其是否因为反流或者梗阻引起结构损伤的情况下，细菌的致病因子必然导致肾脏感染。而对膀胱以上的梗阻，可以导致肾盂扩张、积水以及随后发生的肾皮质组织的压缩性萎缩。当感染发生于这些部位或者完全性梗阻时，由于引流线、抗生素参透率下降导致清除感染变得非常困难。
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