湿疣病毒只能生存于皮肤表面和黏膜，理论上说清除是比较容易的。只要将疣体、亚临床感染病毒、潜伏病毒全部彻底清除，就能保证湿疣不复发。但是用传统的物理方法和腐蚀性药物 彻底清除湿疣病毒并不是很容易的，这便是造成此病反复发作的原因。
1、患病部位的特殊性使得治疗时有“投鼠忌器”的感觉。治疗过度，轻则留下伤疤、重则造成伤害，治疗不足就会复发；阴道、尿道、宫颈、肛门等敏感部位操作不方便，治疗很难到位。
2、亚临床感染和潜伏病毒不能清除。因顾及安全性治疗时很难对亚临床感染和潜伏病毒区域同步治疗。
3、缺乏有效的巩固和预防手段。去除疣体后对可能存在的残留疣体和病毒不能继续清除，会导致复发；此时皮肤很嫩，抗感染能力脆弱，特别容受受到再次感染，会增加再次感染的可能。安全性不够、不能大面积使用是物理方法和腐蚀性药物治疗湿疣的根本缺陷，也是医疗界一直难以突破湿疣复发治疗难题的最大障碍。
因尖锐湿疣传染性强，极易传染给性伴侣，所以凡患该病的患者，除自己及时治疗外，应同时携带性伴侣作早期检测治疗，避免造成交叉感染。
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