此病最常见的症状是痛经，病人中大约有1/3的患者有程度不等的痛经。有些病人会因肠道、膀胱或神经被压迫而出现局部性盆腔疼痛，或是抱怨性交不快，尤其是子宫颈或阴道受侵害的病人，可能会有性交痛、便秘以及大便痛的症状。
偶尔，轻微的病变会引起较重的疼痛，但严重的病变却可以无病症出现，许多临床医师常为这种不一致的现象所困扰，这很大程度上与发病部位有关。子宫内膜异位的囊肿可造成血液渗出，造成化学性腹膜炎，而引起严重的腹痛，这种情况与宫外孕破裂和阑尾炎穿孔有类似的临床症状，故有学者指出，10%的患者会出现急性症侯，需要开腹探查性的诊断及治疗。
此症若扩及到肠道，发生部分性肠梗阻，也会有绞痛现象；若病变蔓延到阴道或子宫颈，则可能出现阴道分泌物及性交后出血；
若发生在子宫骶骨韧带或直肠阴道中隔，则可触到小而坚硬的结节；若侵犯到直肠或膀胱，则月经来潮时，可能同时发生大小便排血的现象；也有的病变会扩展到鼻粘膜或皮肤，每当月经期可出现鼻粘膜和皮肤局部充血发红的现象，严重者可致出血。
此外，大约有75%的患者会有不孕症出现。不孕的原因至今未明，可能与卵巢被膜粘连以及正常的排卵机制被干扰有关。子宫内膜异位症虽然也可能侵犯到输卵管，但很少引起阻塞。
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