引起原发性闭经的原因，主要有三大类：
第一类是精神因素，例如紧张、恐怖、担忧和过度悲伤的不良情绪，得了精神性厌食症等，均可引起闭经。
第二类原因是得了妇科疾病，例如生殖系统先天缺失（无阴道、无子宫、无卵巢）或发育不良，子宫内膜结核（俗称干血痨）、对抗性卵巢综合症等。
第三类因素是由躯体病症引起的。人的身体犹如一部机器，体内脏器好像是机器的零件。某个零件坏了，机器就发生故障，不能正常运转。同样道理，患了某些疾病，也会引起原发性闭经。这些疾病，常见的有贫血、糖尿病、结核病、甲状腺功能失调、先天性肾上腺皮质增生症、脑垂体肿瘤和性染色体异常等等。
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