对于5-6mm以下或者经皮肾镜或者输尿管软镜手术后残留的结石，可以通过多运动、多饮水排石。对于特殊部位的小结石，经常变换体位，并用双手扣击肾区，也可促进结石排出。也可以通过体外物理排石机的方法排石。
不同成分的结石，用相关的药物可减少结石形成，促进排石。草酸钙、混合性草酸钙、磷酸钙结石，推荐应用噻嗪类利尿剂，减少钙结石的复发。对于远端肾小管酸中毒和海绵肾的患者，可以服用聚氨酸氢钾。尿酸结石、胱氨酸结石的患者一线治疗方案是碱化尿液。对于感染性结石、鸟粪石，继发于产脲酶病原菌导致尿路感染，需要用抗生素治疗。
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