区别一，病因不同，肠结核是肠道结核杆菌感染，而克罗恩病是一种和免疫相关的肠道炎症性疾病；
区别二，克罗恩病病程较长，累及肠道范围较广，可累及全消化道，而肠结核主要累及结肠；
区别三，克罗恩病往往合并肛周疾病；
区别四，结核病有明显的结核感染证据，如抗结核抗体阳性、PPD试验阳性、T-SPOT阳性或肠外结核表现；
区别五，肠结核经过抗痨治疗，会明显好转。另外，肠结核的病理特点是干酪样坏死，而克罗恩病的病理特点是非干酪样肉芽肿。
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