小儿心肌炎的病毒主要是百分之四十左右的是柯萨奇病毒的b组。其他的像细小细胞b19病毒、人疱疹病毒、埃克病毒、脊髓灰质炎病毒等是引起心肌炎的一些主要的病毒。其他的流感病毒、副流感病毒、腺病毒、麻疹病毒，包括乙型肝炎病毒等都会引起心肌炎。
心肌炎除了病毒直接的损害，还有可以形成免疫复合物以及细胞免疫，对心肌造成间接的损害。
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