在胎儿期时由于母亲的疾病或营养状态、心理状态，各种原因所导致的胎盘的功能、宫内的环境异常导致胎儿发育受到了障碍。这种矮小和生长发育的障碍，如果延续到出生后，那么很可能就发展为一个矮小症的孩子。
胚胎期，孩子就有了基因的突变，这种基因的突变既可以来自于父母双方的异常基因。
孕期由于母亲接受了放射线、吸烟、病毒感染等疾病所造成的新发基因突变所造成的孩子宫内生长障碍，也可能这种生长的障碍一直持续到生后。
生后也有一些其他的疾病或基因的异常，可以引起孩子出现生长的障碍或一过性的生长障碍，导致他的身高绝对值或一段时间内生长速度出现异常导致最终身高是矮的。
小孩矮小症的原因有哪些
小孩矮小症的原因有神经系统的,如垂体出现病变,生长激素、甲状腺激素等分泌不足。还有基因性的,父母的身高会遗传的。可以查个骨龄。查一下内分泌,及早对症治疗。
诱发矮小症的原因有哪些
先天遗传潜力的发挥主要取决于环境因素，自然环境、社会环境均很重要。生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症、先天性卵巢发育不全症（又称turner综合征）、遗传性矮身材等也是导致矮小症的主要原因。
1） 营养：充足和调配合理的营养是儿童生长发育的物质基础。
2） 睡眠：生长激素在夜间睡眠状态下的分泌量是白天清醒状态下分泌量的3倍，充足的睡眠有利于长高。
3） 运动：运动可刺激生长激素分泌，儿童青少年经常从事体育运动，能促进骨生长，使骨骼变长，横径变粗，骨密度增加，使遗传潜力得到最大限度。
4）遗传因素：多有家族性，父母身材一般较矮，这是比较常见的一种。
5）身体疾病因素：如导致生长激素分泌不足的垂体疾病、甲状腺功能低下等内分泌疾病、粘多糖病等遗传代谢性疾病，21-三体综合征、先天性卵巢发育不全等遗传性染色体疾病，慢性营养不良、慢性肝脏疾病、慢性肾脏疾病、严重贫血、反复呼吸道感染、低出生体重等，均可影响孩子身高的增长，导致个子偏矮。
6）精神因素：如家庭破裂或不和睦、被遗弃、遭受虐待等均可影响生长激素的分泌而导致个子偏矮。
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