先天性麻痹性斜视的病因有遗传因素，还有可能是胚胎的发育异常。先天性麻痹性斜视可能会出现先天性麻痹性内斜视、先天性麻痹性外斜视，以及先天性麻痹上斜视、下斜视，包括一些垂直分离性斜视等。
正常的人每只眼睛都有6条眼外肌，也就是2只眼睛有12条眼外肌，这12条眼外肌当中的任何一条眼外肌出现功能增强或者减弱，都会造成眼睛发生麻痹性的斜视。
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