肛门疼痛的原因有很多种，最常见是肛门疾病，如痔疮嵌顿、血栓外痔等，这些疾病没有细菌感染，不建议使用消炎药来进行治疗。如果由异物以及不良饮食刺激引起肛门疼痛，比如外伤、直肠内异物、酗酒等刺激等，都会引起疼痛。等外伤处理好后，直肠的异物取出，可以选择性的使用抗炎药。
对于有部分肛门直肠周围感染，如：肛门直肠周围脓肿、肛窦炎，这类疾病本身是由于细菌感染引起，所造成脓性的、化脓性的炎症。
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