有些脚气的患者可以通过外用药物治疗，但灰指甲却不同，只有很少的早期患者在指甲未出现明显病变或病变极其细微的情况下，才有可能通过外用药治愈灰指甲。
指甲属于结缔组织，由一层比较致密的角质组成，能保护指端不受到损伤或是尽量去减轻损伤，正是因为指（趾）甲有这种保护作用，所以普通物质并不容易渗透入指甲下方，所以外用药难以渗入灰指甲患者病甲的甲床彻底杀死病菌。
所以，患者在发现患上灰指甲之后，要做到尽早诊治。一般来说，外用抗菌涂剂主要适用于病情较轻，受累指甲数量较少的患者。使用外用涂剂前，要先用温水将指甲泡软，并稍微刮去患指表面增生的指甲层，以免药物渗透不到深层患处。
对于灰指甲病情较重，肝肾功能正常的患者，可在定期抽血检测肝肾功能的情况下使用口服抗真菌药。用药前，患者先要通过真菌镜检和真菌培养试验来确定致病菌。找到相应的致病菌后，需再做药敏试验来寻找敏感药物。
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