口腔溃疡病因首先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者口腔溃疡症状表现为自身免疫反应，也就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统，对自身组织抗原，产生免疫反映，而引起组织的破坏而发病。
其次，口腔溃疡还与遗传有关系，在临床中，复发性口腔溃疡的发病，有明显的家族遗传倾向，常常看到，父母一方或多方若患有复发性口腔溃疡，那么，他们的子女就比一般人更容易患病，也会出现不同程度上的口腔溃疡症状表现。
另外，复发性口腔溃疡症状表现发作时，常常还与一些疾病或症状有关，比如消化系统疾病胃溃疡，十二指肠溃疡，慢性或迁延性肝炎，结肠炎等，另外贫血，偏食，消化不良，腹泻，发热，睡眠不足，过度疲劳，精神紧张，工作压力大、月经周期的改变等等。
随着一种或多种因素的活跃、交替、重叠就出现机体免疫力下降，免疫功能紊乱，也就造成了复发性口腔溃疡的频繁发作，导致口腔溃疡症状表现不同程度的出现。
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