1、腹痛、慢性盆腔痛和痛经；痛经：继发性渐进性痛经，疼痛程度逐步加重，月经结束而消失。周期性下腹不适、慢性盆腔痛：（1）长期腹痛；（2）多在下腹正中及腰骶部，或放射至会阴、肛门及大腿；（3）疼痛程度与病灶大小不成正比；（4）疼痛与病变部位有一定关系；（5）与月经不同步，经期加重。
2、不孕：50%左右内异症患者伴有不孕 ，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。它会使输卵管功能结构异常，卵巢功能障碍。
3、月经异常：月经周期缩短、经量增多或经期延长等，有卵巢功能障碍表现。
4、性交不适：（1）阴道穹窿部异位子宫内膜结节；（2）直肠凹陷结节或粘连；（3）卵巢粘连在盆底；（4）月经来潮前性交痛更为明显；
5、盆腔包块：妇科检查时扪及盆腔内有触痛性硬结或子宫旁有不活动的囊性包块。
6、周期性直肠刺激症状：直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛，有里急后重感和大便次数增多，经后症状消失，随病情进展而加重。
7、周期性膀胱刺激症状：病变累及膀胱腹膜反褶或侵犯膀胱肌层时，会同时出现经期尿急、尿频等症状。若病变侵犯膀胱粘膜（膀胱子宫内膜异位症）则有周期性血尿和疼痛。
8、经期或行经前后的急腹症：卵巢子宫内膜异位囊肿，有穿破的特点，多数患者因卵巢囊肿扭转或宫外孕而急诊手术。若不手术而好转时，盆腔粘连加重，今后还会反复破裂发生急腹症。
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