鉴别诊断需要识别一些引起类似症状的器质性或精神疾病，见表4。不在经前发生的症状不属经前期综合征，但有些经前加重的疾病，如偏头痛、盆腔子宫内膜异位症也都不属于经前期综合征。
经前期综合征与精神病的鉴别十分重要，特别是对那种兼有两种疾病者，国外报道经前期综合征患者约30%伴有精神病，50%以上常伴有抑郁症，这类患者抑郁相关症状在经前加重。如果病史提示患者有精神病史或卵泡期的精神症状评分高，应指导患者到精神病科就诊。但有一组患者不伴有精神病，可通过心理测试量表及皮质醇分泌节律检查与抑郁症相鉴别。
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