1、先天性无卵巢、幼稚型卵巢、卵巢功能早衰、多囊卵巢、卵巢肿瘤等卵巢的疾病会影响卵巢的排卵功能，从的导致卵巢囊肿。
2、中枢性的影响：丘脑下部、垂体、卵巢间内分泌平衡失调、垂体肿瘤或瘢痕、精神紧、过度焦虑，可 对丘脑下部--脑垂体--卵巢轴产生影响抑制排卵。进而使女性患上卵巢囊肿。
3、全身性、慢性疾病、代谢病：某些全身性的疾病、甲亢、糖尿病、肾上腺功能紊乱等会影响卵巢功能 ，从而导致卵巢囊肿。
4、卵巢功能早期衰竭，女性过早绝经，会导致女性卵巢过早停止活动，从而导致卵巢囊肿。
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