支原体、衣原体感染以后的治疗的方式有共同点，也有区别。
支原体的感染一般比较轻，而且好的速度比较快，轻度的感染，不用进行治疗，有时候也会自愈的，如果感染比较重，还是需要选择药物，常用的药物像大环内酯类的，比如红霉素、罗红霉素、阿奇霉素等，另外像氟喹诺酮类的左氧氟沙星，一个疗程需要两周，如果没有治好，就再继续一个疗程。
衣原体感染多数情况下是不能自愈的，需要进行药物治疗，治疗衣原感染的药物，一般是米诺环素、多西环素等，另外能够治疗支原体的药，如罗红霉素、阿奇霉素等，有时候也管用。
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