化脓性病原体进入肺内，最主要途径是口咽部内容物误吸。口咽、鼻腔、鼻咽部隐藏着复杂菌群，形成口咽微生态环境，健康人唾液中细菌半数为厌氧菌。临床上特别易于吸入口咽分泌物因素，有全身麻醉、过度饮酒或使用镇静药物；
头部损伤、脑血管意外、癫痫、咽部神经功能障碍、糖尿病昏迷及其他重症疾病，包括使用机械通气者，可经过血液循环途径引起肺脓肿，通常由在体内其他部位感染灶，经血液循环播散到肺内，如盆腔、腹腔以及牙周脓肿的厌氧菌感染，可通过血液循环播放到肺；
其他途径是比较少见的，有慢性肺部疾病可在下呼吸道有化脓性病原菌定植，如支气管扩张、囊性纤维化并发症是肺脓肿。在肺内原有空洞基础上合并感染，不需要有组织坏死，空洞壁可被再生上皮覆盖，局部阻塞可在周围肺组织产生支气管扩张或肺脓肿。
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