第一、查体，体格检查包括肛门指检，它能够明确肛门的皮肤是否有触痛或红肿，可以诊断出局部是否存在有破溃，有肛瘘感染的存在。
第二、实验室检查包括血液分析，要明确体内是否中性粒细胞以及白细胞的总数是否升高，体内降钙源的成分和炎症的成分是否增高，另外还可以明确C反应蛋白是否出现异常。
第三、影像学检查,包括核磁共振以及盆腔周围的超声的检查。这些检查可以明确病情的一个严重的程度，还可以去和其他的疾病相鉴别。
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