非淋菌性尿道炎的致病菌是比较特殊，多见是支原体、衣原体。支原体、衣原体感染所引起来的疾病不太容易清除，好的也比较慢，另外复发几率相对也高。
得了非淋菌性尿道炎以后一般采取消炎治疗，消炎治疗的疗程需要达到两周，普通的细菌引起的尿道炎一般3-7天就可以治愈，非淋菌性尿道炎做不到。用药两周以后大部分的患者炎症可以治愈，也有一部分还是不行，可能还要再加一个疗程，再治疗2周，所以治疗疗程要足够。
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