具体原因并不十分明确，但和跟以下因素有一定关系：
一、总是坐着，或工作性质就是坐着，或长期不活动，长期吃辛辣刺激性食物，天天喝酒，是主要原因。
二、由于先天免疫功能低下或先天性疾病，导致免疫功能下降，致肛门局部增生，导致肛门癌发生。
三、尖锐湿疣体积较大或治疗不及时，或生长速度过快，治疗无效，也可致癌。
四、高位复杂性肛瘘如时间长，局部增生比较明显。
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