一般情况而言，针对脑积水的手术都是将积水抽离出来，具体的操作是在头颅上打一个大约一厘米左右的孔洞，并将穿刺针穿入脑室进行脑积液的抽离，虽然是对头颅进行打孔开颅，但是由于孔洞较小，风险也相对较低，特别是现在科技的发展，微创手术的出现，使得这种风险更是大大的降低了，某些医院已经可以使用2到3毫米的骨穿针进行穿刺，抽离脑积水不需要再进行打孔开颅。
除了抽离脑积液以外，还可以对脑积水进行分流，用来缓解症状，但这一些分流手术也均是属于微创手术，风险也相对较低。
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