肛瘘手术后肛门部位处于污染创面，污染创面在伤口急性炎症期会持续时间比较长，而急性炎症期一般在肛门部位是1-2周。由于肛门的新鲜创面是在开放状态，由于粪水的污染，排便的影响，炎症的刺激，新鲜创面表面会先经过去腐生肌的过程。随着急性炎症期度过2周以后肛门伤口渗出、渗液这种脓性分泌物就会大大的减少，可以看到肛瘘的创面会出现比较新鲜的、鲜红的肉芽。
但如果肛瘘是在伴随脓肿的状态下完成的手术，因为脓肿、坏死组织、引流以及去腐生肌的过程会变得延长。而且有些肛瘘手术需要做挂线，在肌肉深处的组织、坏死组织引流，时间可能会变得更长。
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