比较常见的是感染性的疾病，细菌感染、病毒感染和真菌感染都可以引起宝宝拉肚子。一般可以通过大便常规检测、大便培养以及轮状病毒抗原的检测来帮助判断是不是感染所引起的。
还有非感染性的因素也可以引起拉肚子，比如消化不良、腹部受凉、吃的过多或者食物种类过杂等也会引起宝宝消化功能紊乱。乳糖不耐受在婴儿期也是比较常见的，母乳的乳糖含量比较高，乳糖酶活性不足时就会出现拉肚子。还有牛奶蛋白过敏，也会表现消化道的症状，出现拉肚子。
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