第二种情况是被检测者其实感染了梅毒螺旋体，但感染时间不长，可能也就是两到四周之内，这时体内梅毒螺旋体虽然存在，但是还没有刺激他的免疫系统产生足够多的梅毒螺旋体的抗体，抗体浓度很低，通过普通的检测方法检测不到，这时就是一个阴性的结果。
如果有高危的行为的病史，而且有高度怀疑感染的梅毒螺旋体的患者，如果检测结果是阴性的话，不能确定没有感染，应当在几周之后再重复检测，只有再次检测结果仍然是阴性，才能排除梅毒感染的可能。
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