特殊染色及放大内镜，为提高大肠癌诊断奠定了物质基础。但是，对于病变形态的改变，要有新的认识，如血管纹理不清，或消失、黏膜发红、粗糙、苍白、无名沟中断、病变周围白斑中央凹陷、肠壁轻度变形等凹陷型及扁平型形态改变，在内镜检查中，必须高度重视。因为凹陷型及扁平型，较隆起型大肠肿瘤，癌变检出率更高，恶性程度更高。有资料认为[15]，平坦型肿瘤即Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc，在开始发生时就可能是癌症。LST(侧向发育型肿瘤)合并大肠癌占8.4％～52.5％，良性LST在3年内可发生癌变，对隆起型肿瘤，由腺瘤发展成癌要经过5～10年左右。因此，对这些轻微病变的改变，都应该当成疑癌病变进行染色内镜检查，或对黏膜下的病变辅以EUS检查。
特殊染色
对微小病变标本组织进行染色，根据色素的种类及作用机理可分为：对比法，染色法，色素反应法，荧光法。最常用为前三种。染色前应吸尽病变周围的潴留物，清洗需要染色的部位。用微温清洗液，因为，冷水易刺激黏膜，致病变部位黏膜皱襞收缩，肠蠕动增加，不利于观察;冲洗时，应沿着病变边缘冲击，使清洗液自然形成水流冲洗病灶。避免直接冲击病变部位，诱发出血，影响染色及观察。通常使用0.4％靛胭脂作为大肠黏膜染色剂，靛胭脂主要能显示黏膜凹凸的变化，为非黏膜吸收性染料，当染色效果不理想时，可反复使用，以获得最佳效果。但是，再次染色前，应先冲洗干净黏膜表面的染料。
放大内镜
放大肠镜的使用，达到分辨病变微细结构、腺体形态甚至细胞结构改变的目的。目前，一般放大内镜可放大成像200倍。这种放大内镜检查的目的，是通过观察腺管开口类型及变化确认病变。已接近组织学诊断，对表浅型病变包括Ⅱc病变的定性诊断很有帮助。而比较新的两种结肠镜检查技术：细胞内镜(en- docytoscope)和显微内镜(endomicroscope)，其分别达到对细胞扩大1125倍及对内镜成像放大1000倍，前者可见细胞核和细胞结构，后者可看细胞和亚细胞结构。对炎症性肠病癌变的诊断率与金标准比较，准确性达到90％。但是单纯使用放大内镜检查，对平坦型和浅凹型腺瘤易漏诊。这类腺瘤较之隆起型病变，癌变时间早，恶性程度高，进展速度快。
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