病理性的情况，可能就需要治疗了，如果既不是青少年也不是孕妇，出现碱性磷酸酶的显著升高，要怀疑两个方面的疾病。第一，是胆汁淤积性疾病，因为碱性磷酸酶分布在肝内的小胆管里，如果肝内的小胆管出现问题，出现肝内胆汁淤积，就会出现碱性磷酸酶升高，比较典型的碱性磷酸酸酶升高的胆汁淤积性疾病，是PBC，或者PSC。PBC叫原发性胆汁性胆管炎，PSC叫原发性硬化性胆管炎，都是肝内的胆管出现炎症，是自身免疫紊乱造成的，这样两种疾病都需要积极治疗，否则长期处于炎症状态，慢慢的胆管破坏、变形，最后出现肝硬化，甚至肝肿瘤。
除了刚才说的PBC，还有PSC之外，药物性肝损伤也可以表现为胆汁淤积型，这种情况下治疗就要停用可能会伤肝的药物，给与积极的退黄，修复胆管的治疗的方案。
除了肝内胆汁淤积之外，由于碱性磷酸酶还分布在骨骼当中，所以在病理状态下，碱性磷酸酶的显著升高，还要警惕是不是骨肿瘤，或者其他器官的肿瘤转移到骨骼，出现了破骨细胞的活跃，也会表现为碱性磷酸酶的显著升高。
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