分泌性中耳炎的病因尚未完全明确，小儿的免疫系统尚未完全发育成熟，是小儿分泌性中耳炎发病率高原因之一，中耳积液中有炎性介质、前列腺素等存在，积液中也曾检出过细菌的特异抗体，免疫复合物以及补体系统，提示慢性分泌中耳炎可能属于抗感染免疫介导的病理过程。
咽鼓管功能障碍是本病的基本原因，小儿的腺样体肥大、肥厚性鼻炎、咽部肿瘤或淋巴组织增生，长期鼻炎部填塞等都会造成咽鼓管功能的障碍，咽鼓管开壁的肌肉收缩无力，咽鼓管软骨弹性较差，咽鼓处于负压状态时，咽鼓管的软骨段的管壁易发生塌陷，造成了咽鼓管的阻塞是小儿分泌性中耳炎发病率最高的解剖生理性的基础之一，腭裂患者由于肌肉无中线附着点，失去收缩功能也易患本病。
过去认为分泌性中耳炎是无菌性炎症，近年来的研究发现中耳积液中细菌培养阳性者约为1/2到1/3，主要致病菌为流感嗜血杆菌和肺炎链球菌，细菌学和组织学检查结果以及临床表明，分泌性中耳炎可能是中耳的轻型或低毒性的细菌感染，细菌产物内毒素在发病机制中，特别是病变迁延慢性的过程中可能起到一定作用。
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