该病和慢性的非特异性溃疡性结肠炎，这两种疾病统称为炎症性肠病。它的主要临床表现有腹痛、腹泻、肠道梗阻，有时候可伴随有发热，营养不良等这些肠外的表现，对于该疾病的病程多迁延不愈，反复发作，不容易进行根治性治疗。临床上把克罗恩病有时候又称之为局限性的肠炎，或者阶段性肠炎，或者肉芽肿性的肠炎，局限性的回肠炎等。
克罗恩病目前尚无根治的方法，许多病人出现并发症，需手术治疗，而术后复发率很高。本病的复发率与病变范围、病症侵袭的强弱、病程的延长、年龄的增长等因素有关，死亡率也随之增高。
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