正常阴道内有多种微生物，能够形成阴道微生物群，由于之间存在生态平衡，所以一般不会治病。但是当阴道微生物群中能产生的过氧化氢的乳酸杆菌占优势，雌激素可以使阴道上皮增厚，增加细胞内糖原的含量，乳酸杆菌将糖原转化成乳酸，维持阴道正常的酸性环境，抑制其他病原菌生长。
如果体内雌激素下降，改变了阴道的酸性环境。或者长期使用广谱抗生素，就抑制了乳酸杆菌生长。或者患者出现机体免疫力低下，阴道的生态环境遭到破坏，均可以使其他致病菌成为优势菌，导致了细菌性阴道炎的发生。总而言之，细菌性阴道炎的原因就是因为卫生不良，性生活过多，导致阴道内正常菌群遭到破坏，从而发生多种微生物感染。
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