病因实际上跟一些免疫、代谢、遗传因素有关，导致肝脏里的胆管上皮细胞损伤，这种胆管细胞的损伤现在目前国际上推荐的药物，最常见的是熊去氧胆酸。熊去氧胆酸是目前有证据显示的，可以延缓原发性胆汁性胆管炎疾病进展或者减轻肝脏里面的胆管上皮炎症损伤，有循证医学证据的一线使用药物。
如果熊去氧胆酸使用的过程中发现治疗效果不理想，碱性磷酸酶、谷草转氨酶、总胆红素有相应的评价标准，如果在六个月或一年时对患者进行评价，没有达到理想的应答效果，可以再同时使用一些其他药物，临床上现在目前推荐使用的药物，像奥贝胆酸或一些贝特类降脂药物，都可以和熊去氧胆酸联合应用，治疗原发性胆汁性肝硬化。
疾病越在早期治疗，治疗越充分，可能将来往四期发展的可能性就会有很好地控制。但是如果使用熊去氧胆酸作为一线药物，以及奥贝胆酸或贝特类药物作为二线药物，治疗效果不佳的这类患者，可能就会出现疾病的进展，对于疾病进展比较迅速，短时间会发展到肝硬化的患者，可能最终考虑肝脏移植是比较好的选择。
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