第一个是先天性的因素，比如说患者染色体异常，或者是Y染色体微缺失。另一大类是由于后天的一些因素，比如患者出现精索静脉曲张，泌乳素增高或者雄性激素水平降低。
还有一类的患者，称为特发性的少精子症，目前科学手段不能明确原因，占到少精子症的30%-40%。如果精子的浓度少于500万/毫升，称为重度的少精子症，此类患者最常见的原因包括染色体或者基因异常，同时还要明确是否存在静脉曲张的因素、内分泌因素、一些感染因素，甚至有没有输精管道部分梗阻的因素等。
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