输卵管妊娠的病因至今还是不能明确的，但主要可能原因可能是因为输卵管异常。
患者如果曾经患有慢性输卵管炎、阑尾炎、盆腔结核、腹膜炎及子宫内膜异位症都有可能会导致输卵管粘连、狭窄、部分阻塞，导致输卵管妊娠情况的出现。另外，输卵管发育不良的话也会影响到受精卵的正常运行，输卵管憩室或副伞等先天畸形亦可导致输卵管妊娠。
如果不是因为输卵管异常问题，那就 有可能是受精卵游走。卵子在一侧输卵管受精之后成为受精卵，会经过宫腔进入对侧输卵管后种植，游走于腹腔内，游走时间较长，受精卵发育增大，就可能导致输卵管妊娠。避孕失败也是输卵管妊娠的一个原因。
现在很多女性都会用节育环避孕，也就是俗称的“上环”，但是上环避孕失败的话发生输卵管妊娠的几率是会增大的。而一些避孕药孕激素比较低剂量的话，也会使输卵管蠕动异常，发生输卵管妊娠。用含有大量雌激素的紧急避孕药避孕失败而受孕者，发生输卵管妊娠的几率也增大。
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