儿童学习能力障碍的病因不明，可能与下列因素有关：
1、遗传因素。基因连锁分析提示：在第15对染色体上存在有以常染色体显示方式遗传的基因位点。有学者采用双耳分听技术、电生理方法皮层血流分析及透示器半边视野等方法研究脑功能，发现阅读困难儿童有脑结构侧化异常，可能为胎儿血内睾酮水平异常，导致发育异常所致。
2、器质性因素。有人认为是内耳前庭功能失调所致，父母和家庭的负性生活事件可以加重此类问题。
3、环境因素和营养因素。
4、其他因素。该类儿童文字系统处理的环节中，出现异常或缺陷，或者是识字模式、语言通路异常。
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