1、药物：
目前已知约有2%-3%的先天性畸形，是由药物所引起的。容易引起畸形的药物包括：男性荷尔蒙、酒精、某些抗生素、抗凝血剂、抗癫痫药、抗癌药、镇定剂等。这些药物影响所造成的畸形不尽相同，但常发生在脑部、心血管、面部和泌尿生殖系统。
2、先天性的胎内感染：
例如麻疹、梅毒等。麻疹的胎内感染率及致畸形率，在怀孕头三个月最高，常会导致孩子白内障、心脏病及听觉异常。在胎内感染中，最常见的是滤过性病毒，但目前尚未发现有滤过性病毒引起的流行性感冒导致先天性胎儿畸形的病例。
3、化学物质的污染：
例如铅、汞等，均是常见的畸胎原，易导致胎儿生长迟缓、神经系统及智力发展上的障碍。这种污染常见于被工业废水污染的河川，化学物质会渗入水产类食物，由准妈妈食用而造成胎儿畸形。
4、放射线：
它的致畸效应，常视放射线的剂量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎儿畸形，但累积的剂量越多，或照射的部位越靠近子宫的话，畸形的危险性越高。至于电脑显示器的幅射量，是否会造成畸形，目前正在研究中，为以防万一，还是少用电脑、手机为好。
5、咖啡因：
在怀孕前三个月，每天喝超过三杯的咖啡或茶，会使流产的机率增加一倍。因为茶和咖啡都含有咖啡因，与流产及生出畸形儿有极大的关系。由于胎儿的肝脏尚未成熟，不能快速地代谢掉咖啡因，而咖啡因会加快胎儿心跳速率及新陈代谢速度，因此对胎儿有不良影响；
此外，咖啡因也会降低母体血液流入子宫的速度，使供给胎儿的血中氧气量与养分降低，影响胎儿的发育。再加上咖啡因有利尿的作用，使原本已经尿频的准妈妈更加不方便，同时咖啡因还会造成钙质的流失，并影响铁质的吸收。
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