第一，两者形成的原因不同。生理性飞蚊症通常是由于老化因素导致玻璃体浑浊而造成的。病理性飞蚊症一般是由于玻璃体腔内有少量出血，或者是由于葡萄膜炎导致玻璃体腔内有白细胞形成而导致的。
第二，两者的症状是不一样的。生理性飞蚊症通常是缓慢形成的，症状比较轻微，而病理性飞蚊症通常出现的比较迅速，而且症状相对会重一些。
第三，进行眼底检查时，两者的表现是不一样的。生理性飞蚊症通常在玻璃体腔内可以看到灰色半透明状的浑浊物，而病理性飞蚊症通常可以在进行眼底检查时，看到玻璃体腔内有红色的出血，或者是白色的白细胞团块形成。
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